אסטקסנטין סינתטי ואסטקסנטין טבעישונים במהותם; קיבולת נוגדי החמצון, התוכן והטוהר שלהם אינם זהים. הם שונים במבנה. לכן, ישנם הבדלים ביעילותו ובתפקידו.
הוא מיוצר בשתי דרכים: סינתזה מלאכותית ורכישה ביולוגית. סינתזה מלאכותית היא שיטה כימית להשגה מקרוטן; להיות טבעי מבחינה ביולוגית יש בדרך כלל שלושה מקורות ביולוגיים: פסולת מתעשיית עיבוד המוצרים המימיים, Phaffia rhodozyma ומיקרו-אצות (בעיקר Haematococcus Pluvialis).
הוא מיוצר בשתי דרכים: סינתזה מלאכותית ורכישה ביולוגית. סינטטי הוא לא רק יקר אלא גם שונה מהותית מהטבע מבחינת מבנה, תפקוד, יישום ובטיחות.
מבחינת מבנה:
בשל הפעילות האופטית של קבוצות ההידרוקסיל (-oh) בשני הקצוות, יש לו שלושה איזומרים: 3s-3's, 3r-3's, 3r-3's (גם הידוע בשם levorotatory, racemic, dextrorotatory) סוג, שבו סינתטי הוא תערובת של 3 סוגים של מבנה (25 אחוז שמאל, 25 אחוז ימני וכ-50 אחוז גזעי), עם פעילות נוגדת חמצון מועטה, זה שמקורו בשמרים הוא 100 אחוז סיבובי זמני (3r-3'r) ובעל פעילות נוגדת חמצון חלקית; שני מקורותיהם לעיל משמשים בעיקר לצביעה של בעלי חיים וחומרים שאינם אכילים. רק מאצות, שיש לה מבנה של 100 אחוז סובב (3s-3) ובעלת הפעילות הביולוגית החזקה ביותר.
הסינתזה הכימית תכניס בהכרח כימיקלים לטומאה, כגון תוצרי לוואי לא טבעיים שנוצרו במהלך תהליך הסינתזה, מה שיפחית את בטיחות הזמינות הביולוגית שלו. עם עליית הטבע, הניהול של חומרים מסונתזים כימיים נעשה קפדני יותר ויותר במדינות ברחבי העולם. לדוגמה, מינהל המזון והתרופות האמריקני (FDA) אסר על כניסת מסונתזים כימיים לשוק המזון ותוספי התזונה (תוספי מזון), ו-natural השיגה אישור בטיחות כללי (GRAS) ב-FDA. הוא יכול להיכנס באופן חוקי לשוק המזון ותוספי התזונה. ייצורו נוטה בדרך כלל לפתח מקורות ביולוגיים של הטבע ובכך לייצר אותו בקנה מידה גדול.
למקורות שונים של אסטקסנטין יש מבנים כימיים אחרים ויכולות נוגדות חמצון שונות. ויכולת נוגדת החמצון החזקה של אסטקסנטין באה לידי ביטוי באמצעות העיצוב הייחודי שלו. לאסטקסנטין המופק מהאמטוקוקוס פלוביאליס יש מבנה של 100 אחוז סיבובי ידיים, בעל יכולת נוגדת חמצון חזקה במיוחד, וגם היעילות הביולוגית שלו חזקה במיוחד. לאסטקסנטין שמקורו בפאפיה יש מבנה של 100 אחוז ימני. יכולת נוגדת החמצון שלו היא שנייה; הוא מופק מדגים, שרימפס, סרטנים ובעלי חיים אחרים והוא תערובת של שלוש צורות. כוח נוגד החמצון הוא שני, והאחרון הוא סינתזה מלאכותית. אסטקסנטין הוא מבנה גזעי של 100 אחוז, ללא יכולת נוגדת חמצון כלשהי, ואין לו יעילות ביולוגית שצריכה להיות לאסטקסנטין, ולכן ניתן להשתמש בו רק כצבע כימי.
לָכֵן,אסטקסנטין טבעיעדיף על אסטקסנטין סינתטי במבנה, בתפקוד הפיזיולוגי, בהשפעת היישום ובבטיחות.
